Hylde-Gøgeurt blomstrer fra sidst i april, gennem maj og i sene år til ind i juni. Flottest står den de fleste år i første halvdel af maj.
 

Planten bestøves af humlebier, der narres til at besøge de smukke, iøjnefaldende blomster, på trods af, at disse ikke indeholder nektar. En mulig forklaring på de to farveformer er, at de sørger for, at flere planter bliver besøgt og bestøvet, fordi humlebierne har sværere ved at lære, at der ingen nektar er. Bierne opfatter simpelthen ikke de røde og gule Hylde-Gøgeurt som ”det samme”.

Hylde-Gøgeurt er en af Danmarks meget sjældne orkidéer. Den har aldrig været almindelig, men har dog tidligere været fundet på mindst 25 steder i landet. De fleste lokaliteter har altid været på Djursland, Nordvestsjælland og ikke mindst på Bornholm, men den har også vokset enkelte steder i Sydjylland, i Nordjylland, på Fyn, i Østsjælland og i Sydsjælland. I dag findes den kun i fire kommuner i landet: På Rævebjerg og i omgivelserne i Bjergene i Odsherred, cirka 10 steder på Bornholm, på Eskebjerg Vesterlyng i Kalundborg Kommune og et enkelt sted i Syddjurs Kommune.

De to sidste steder findes endda kun meget få (under 10) planter, og også hovedparten af de bornholmske bestande er små (under 100 planter). Kun en af de bornholmske bestande og bestanden i Odsherred rummer så mange som 500-1000 blomstrende planter, så bestanden i Odsherred er meget vigtig for Hylde-Gøgeurts fremtid som dansk art.

Hylde-Gøgeurt vokser på overdrev, der plejes med afgræsning, og overdrevenes tilgroning eller opdyrkning er hovedgrunden til artens sjældenhed i dagens Danmark. Også i Bjergene var arten gået tilbage på grund af tilgroning og manglende græsning, så der kun var ret få planter. En målrettet indsats fra først Vestsjællands Amt og senere Naturstyrelsen fik heldigvis vendt udviklingen, så vi stadig kan nyde det smukke syn. 

Hylde-Gøgeurt er opført på rødlisten som sårbar. Den er ligesom alle andre danske orkideer fredet, og det er derfor strengt forbudt at plukke eller opgrave planterne. Det sidste har heller ikke noget formål, da den ikke trives i en almindelig have.